Коренева гниль уражає сходи і дорослі рослини. У сходів загнивають корені, стебла біля кореневої шийки і сім"ядолі. Збудниками кореневої гнилизни є недосконалі гриби з роду Fusarium Link (частіше F. avenace-um Sacc., F. roseum Fr.), а також нижчий гриб Pythi-um debaryanum Hesse. Поразка кореневою гнилизною може привести до недобору врожаю люпину на 17-50% і більш. При внесенні фосфорнокалийних добрив стійкість рослин до захворювання підсилюється. Більш стійкі до хвороби сорту жовтого люпину.