Фузаріоз сої проявляється у вигляді загнивання насіння під час його проростання, кореневої гнилі, некрозу сім’ядоль, загибелі точки росту, в’янення рослин, плямистості листків, загнивання стебел і бобів.
На сходах проростки нерівно потовщуються і деформуються, а на сім'ядолях з'являються глибокі бурі виразки з рожевим нальотом і такого ж кольору подушечки. Уражені рослини, як правило, випадають. Нерідко уражене насіння не дає сходів і на ньому з'являється білувато-рожевий наліт.