Червона конюшина уражується різними видами іржі, але найчастіше грибом Uromyces fallens (Desm.) Кепі, Syn., U. trifolii (Hedw.) Lev. весь цикл розвитку якого відбувається на конюшині. Весняна стадія гриба трапляється дуже рідко. Літня стадія з'являється в червні, але найбільший розвиток іржі буває на другому укосі. У дощове літо конюшина дуже уражується іржею, через що значно погіршується якість насіння, а його врожайність зменшується на 50—70%. Грибниця іржі зимує на живих рослинах, на рештках сухих рослин зимують зимові спори.
